Účetnictví pro e-shop: kompletní průvodce pro online prodejce
Provozování e-shopu přináší specifické účetní a daňové výzvy, které se od klasického „kamenného" podnikání výrazně liší. Prodáváte zákazníkům po celé EU? Musíte řešit OSS režim. Přijímáte platby kartou přes platební bránu? Potřebujete správně účtovat poplatky. Řešíte desítky reklamací měsíčně? Každá vyžaduje dobropis. V tomto průvodci najdete odpovědi na nejčastější otázky e-shopařů ohledně účetnictví a daní v roce 2026, včetně nových pravidel pro registraci k DPH platných od roku 2025.
Článek vychází z aktuální legislativy ČR, zejména ze zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, zákona č. 563/1991 Sb., o účetnictví, a metodických informací Finanční správy ČR. Právní povinnosti při startu (registrace, GDPR, informační povinnosti) shrnuje checklist založení e-shopu, náležitosti obchodních podmínek e-shopu máme v samostatném návodu.
Co v článku najdete
- Daňová evidence, paušální výdaje, nebo účetnictví?
- DPH u e-shopu: základní pravidla
- OSS režim: prodej zákazníkům v EU
- Reklamace a dobropisy
- Platební brány a poplatky
- Skladová evidence
- Dropshipping: specifika účetnictví
- Prodej přes marketplace
- Modelový příklad: e-shopař Petr v číslech
- Praktické tipy pro účetnictví e-shopu
- Časté otázky
Daňová evidence, paušální výdaje, nebo účetnictví?
Zjednodušeně: stát chce vědět, kolik jste vydělali. Můžete mu to ukázat třemi způsoby, od nejjednoduššího (paušální výdaje, kdy si nic moc evidovat nemusíte) po nejsložitější (podvojné účetnictví, kde sledujete každou korunu na účtech).
Jako OSVČ provozující e-shop máte na výběr:
| Kritérium | Paušální výdaje | Daňová evidence | Podvojné účetnictví |
|---|---|---|---|
| Kdo může vést | OSVČ (FO) | OSVČ (FO nezapsaná v OR) | Povinně s.r.o., a.s.; dobrovolně OSVČ |
| Princip | Výdaje procentem z příjmů | Skutečné příjmy a výdaje (cash basis) | Výnosy a náklady (akruální princip) |
| U e-shopu (živnost volná) | 60 % z příjmů, max. 1 200 000 Kč výdajů (§ 7 zákona č. 586/1992 Sb.) | Evidence dle § 7b zákona o daních z příjmů | Zákon č. 563/1991 Sb. |
| Vhodné pro | Nízké skutečné náklady, malý sklad | Menší e-shopy s vyšší nákupní cenou zboží | Větší e-shopy, s.r.o. |
| Náročnost | Minimální | Nižší | Vyšší |
U e-shopu je klíčový poměr nákladů k tržbám. Nakupujete-li zboží za 70 % prodejní ceny, paušální výdaje 60 % se vám nevyplatí a povedete daňovou evidenci se skutečnými výdaji. Fyzická osoba se navíc stává účetní jednotkou s povinností vést účetnictví, pokud její obrat podle zákona o DPH přesáhne za kalendářní rok 25 000 000 Kč (§ 1 odst. 2 písm. e) zákona č. 563/1991 Sb.).
Pro drobné e-shopaře bez zaměstnanců stojí za propočet i režim paušální daně, který sloučí daň i pojistné do jedné měsíční platby. Zda se vyplatí právě vám, spočítáte v kalkulačce paušální daně pro rok 2026. Pozor: vstupem do paušálního režimu nesmíte být plátcem DPH, což u rostoucího e-shopu rychle narazí na limit obratu.
Doporučení pro e-shopy
I pokud vám zákon umožňuje vést pouze daňovou evidenci, zvažte dobrovolný přechod na podvojné účetnictví, jakmile váš e-shop generuje obrat v řádu milionů Kč ročně nebo máte sklad se stovkami položek. Akruální princip (výnos účtujete v okamžiku dodání zboží, ne přijetí platby) vám dá výrazně přesnější obraz o marži a skutečné ziskovosti jednotlivých měsíců.
DPH u e-shopu: základní pravidla
Jednoduše řečeno: DPH je daň, kterou vybíráte od zákazníků za stát. Dokud jste malí, stát vás jejím výběrem nezatěžuje. Jakmile ale vaše tržby přerostou zákonný limit, stáváte se „výběrčím" povinně. Pravidla se navíc liší podle toho, komu prodáváte (B2C vs. B2B) a kam prodáváte (tuzemsko, EU, třetí země).
Kdy se stáváte plátcem DPH: nová pravidla od 2025
Novela zákona o DPH (zákon č. 461/2024 Sb.) od 1. 1. 2025 zásadně změnila počítání obratu. Obrat se už nesleduje za posledních 12 klouzavých měsíců, ale za kalendářní rok, a existují dva limity:
| Překročený obrat v kalendářním roce | Kdy se stáváte plátcem |
|---|---|
| 2 000 000 Kč | Od 1. ledna následujícího kalendářního roku (nebo dobrovolně hned od následujícího dne, pokud to uvedete v přihlášce) |
| 2 536 500 Kč | Okamžitě, od dne následujícího po překročení |
📋Co udělat při překročení obratu 2 000 000 Kč
Pozor na druhý limit 2 536 500 Kč
Typická past pro e-shopy s vánoční špičkou: obrat 2 000 000 Kč překročíte v říjnu a počítáte s plátcovstvím až od ledna. Pokud ale v listopadu a prosinci díky vánočním prodejům překročíte i 2 536 500 Kč, stáváte se plátcem ze dne na den uprostřed nejsilnější sezóny. Sledujte proto obrat průběžně po měsících, ne až při daňovém přiznání.
Kromě obratu vzniká povinnost registrace i v dalších situacích: při pořízení zboží z jiného členského státu EU nad 326 000 Kč za kalendářní rok se stáváte identifikovanou osobou (§ 6g zákona o DPH), stejně tak při přijetí nebo poskytnutí služby z/do EU (typicky reklama na Facebooku či Googlu, provize marketplace). Identifikovaná osoba odvádí DPH z přeshraničních plnění, ale nemá nárok na odpočet a u tuzemských prodejů DPH neúčtuje.
Sazby DPH v roce 2026
| Sazba | Hodnota | Příklady zboží v e-shopu |
|---|---|---|
| Základní | 21 % | Elektronika, oblečení, sportovní potřeby, nábytek, kosmetika |
| Snížená | 12 % | Potraviny, dětské autosedačky, zdravotnické prostředky, léky |
| Osvobozeno s nárokem na odpočet | 0 % | Tištěné a elektronické knihy |
Od roku 2024 platí v ČR pouze dvě sazby DPH (konsolidační balíček, zákon č. 349/2023 Sb., zrušil druhou sníženou sazbu 10 %). Pro většinu e-shopů s nepotravinářským zbožím platí základní sazba 21 %. Kolik DPH odvedete z konkrétní částky a jak vypočítat cenu bez daně, zjistíte v naší kalkulačce DPH.
OSS režim: prodej zákazníkům v EU
Představte si, že prodáte tričko zákazníkovi do Německa. Německo chce ze svého trhu svou daň (19 %, ne českých 21 %). Abyste se nemuseli registrovat na německém, rakouském a polském úřadě zvlášť, existuje OSS (One Stop Shop): jedno místo, kde to vyřídíte všechno najednou.
Jak OSS funguje
Podle informací Finanční správy k OSS se dodavatel registruje do režimu OSS v ČR a odvádí DPH všech členských států jedním přiznáním. Správcem daně pro OSS je Finanční úřad pro Jihomoravský kraj, Územní pracoviště pro Brno I. Zdaňovacím obdobím je kalendářní čtvrtletí a přiznání se podává do konce měsíce následujícího po skončení čtvrtletí.
📋Postup registrace a používání OSS (režim EU)
Alternativu pro malé podniky, které chtějí využít osvobození od DPH i v jiných státech EU, popisuje článek o režimu SME.
Sazby DPH ve vybraných zemích EU (2026)
| Země | Základní sazba DPH | Snížené sazby |
|---|---|---|
| Německo | 19 % | 7 % |
| Rakousko | 20 % | 10 % / 13 % |
| Slovensko | 23 % | 19 % / 5 % |
| Polsko | 23 % | 5 % / 8 % |
| Francie | 20 % | 5,5 % / 10 % |
| Itálie | 22 % | 4 % / 5 % / 10 % |
| Maďarsko | 27 % | 5 % / 18 % |
Sazby jednotlivých států se mění (Slovensko například zvýšilo základní sazbu na 23 % od roku 2025), proto je před nastavením e-shopu vždy ověřte v oficiální databázi Evropské komise „Taxes in Europe Database".
Kdy musíte řešit DPH země zákazníka
Hranice je 10 000 EUR ročně za souhrn všech přeshraničních B2C prodejů zboží na dálku a digitálních služeb do celé EU (nikoliv za každou zemi zvlášť). Pod limitem můžete účtovat českou DPH 21 %. Po překročení musíte odvádět DPH v zemi zákazníka: buď přes OSS, nebo registrací k DPH v každé cílové zemi. Samotné použití OSS je dobrovolné, povinnost odvést zahraniční DPH ale nikoliv.
Důležitý detail pro plátce: plnění přiznaná v OSS se zároveň vykazují jako souhrnný základ daně na řádku 24 tuzemského přiznání k DPH.
Reklamace a dobropisy
Když zákazník vrátí zboží, musíte „vzít zpět" i daň, kterou jste za něj státu přiznali. K tomu slouží opravný daňový doklad, lidově dobropis (§ 42 a § 45 zákona o DPH).
Kdy vystavit dobropis
| Situace | Dobropis nutný? | DPH dopad |
|---|---|---|
| Vrácení zboží do 14 dnů (odstoupení od smlouvy) | Ano | Snížení DPH na výstupu |
| Uznaná reklamace, výměna zboží | Ne (pokud stejná cena) | Bez dopadu |
| Uznaná reklamace, vrácení peněz | Ano | Snížení DPH na výstupu |
| Sleva z ceny (vada zboží) | Ano | Snížení DPH na výstupu |
| Zákazník nepřevzal zásilku | Ano (pokud byla vystavena faktura) | Snížení DPH na výstupu |
14denní lhůta pro odstoupení od smlouvy
Při online prodeji spotřebitelům má zákazník právo odstoupit od smlouvy do 14 dnů od převzetí zboží bez udání důvodu (§ 1829 zákona č. 89/2012 Sb., občanský zákoník). Jako prodejce musíte vrátit peníze do 14 dnů od odstoupení (§ 1832). Na každé takové vrácení vystavuje plátce DPH opravný daňový doklad a snižuje daň na výstupu v období, kdy vrácení proběhlo.
Účtování reklamací v podvojném účetnictví
Příklad: vrácení zboží v hodnotě 2 500 Kč s DPH (základ 2 066 Kč, DPH 21 % 434 Kč).
| Krok | Účetní operace | MD | D | Částka |
|---|---|---|---|---|
| Původní prodej | Tržba za zboží | 311 | 604 | 2 066 Kč |
| Původní prodej | DPH 21 % | 311 | 343 | 434 Kč |
| Vrácení (dobropis) | Storno tržby | 604 | 311 | 2 066 Kč |
| Vrácení (dobropis) | Storno DPH | 343 | 311 | 434 Kč |
| Vrácení zboží na sklad | Přijetí na sklad | 132 | 504 | pořizovací cena |
Při daňové evidenci zapíšete vrácené peníze jako výdaj (resp. snížení příjmů) a DPH opravíte v přiznání za období, kdy jste dobropis vystavili.
Platební brány a poplatky
Platební brána funguje jako prostředník: zákazník zaplatí bráně, brána si strhne poplatek a zbytek vám pošle na účet. Účetně ale musíte pracovat s celou částkou, ne jen s tím, co vám přistálo na účtu.
📋Čtyři pravidla pro účtování plateb přes bránu
Orientační výše poplatků (přesné ceny se liší podle obratu a smlouvy, vždy vycházejte z vlastního ceníku):
| Platební brána | Typický poplatek | Účtování poplatku |
|---|---|---|
| GoPay | cca 1 až 2,5 % + fixní část | MD 518 / D 378 (nebo 221) |
| Comgate | cca 1 až 2,2 % + fixní část | MD 518 / D 378 (nebo 221) |
| Stripe | cca 1,5 % + fixní část (EU karty) | MD 518 / D 378 (nebo 221) |
| PayPal | cca 2,5 až 3,5 % + fixní část | MD 518 / D 378 (nebo 221) |
Pokud nabízíte i platbu převodem, usnadněte zákazníkům život QR kódem pro platbu na faktuře: snížíte chybovost v párování variabilních symbolů.
Skladová evidence
Sklad je z účetního pohledu „zaparkovaná hotovost". Dokud zboží leží na regále, není to náklad; nákladem se stává až v okamžiku prodeje (účet 504, prodané zboží). Proto bez skladové evidence nikdy nezjistíte skutečnou marži.
Metody oceňování zásob
| Metoda | Princip | Vhodné pro |
|---|---|---|
| FIFO | První dovnitř, první ven | Většina e-shopů |
| Vážený aritmetický průměr | Průměrná cena ze všech nákupů | Zboží s kolísavými nákupními cenami |
| Pevná skladová cena s odchylkami | Předem stanovená cena | Velké e-shopy s tisíci položkami |
Způsob A (o zásobách se účtuje průběžně) dává lepší přehled, způsob B (nákupy jdou rovnou do nákladů a stav se dopočítá k rozvahovému dni) je jednodušší, ale během roku nevíte, co máte na skladě.
Inventura: povinnost i nutnost
Účetní jednotky musí provádět inventarizaci zásob k rozvahovému dni (§ 29 a § 30 zákona č. 563/1991 Sb., o účetnictví), typicky k 31. 12. V praxi doporučujeme průběžné inventury, ideálně měsíční pro nejprodávanější položky. Manko nad normu přirozených úbytků je daňově neuznatelný náklad, přebytek je zdanitelný výnos, a obojí je nutné zaúčtovat.
Dropshipping: specifika účetnictví
Dropshipping znamená, že prodáváte zboží, které nikdy nedržíte v ruce: objednávku pošlete dodavateli a ten ji doručí přímo zákazníkovi. Zní to jednoduše, ale daňově je to jeden z nejsložitějších modelů.
📋Účetní specifika dropshippingu
DPH u dropshippingu ze třetích zemí
Od 1. 7. 2021 platí v celé EU dovozní režim IOSS (Import One Stop Shop) a bylo zrušeno osvobození drobných zásilek od DPH:
| Hodnota zásilky | DPH režim |
|---|---|
| Do 150 EUR | Lze využít IOSS: DPH přiznáváte měsíčně v ČR, zákazník při doručení nic nedoplácí |
| Nad 150 EUR | Standardní celní řízení, DPH (případně clo) se vybírá při dovozu |
Dropshipping a spotřebitelská práva
Vůči zákazníkovi jste plně odpovědný za dodání zboží, jeho kvalitu i vyřízení reklamací, i když zboží nikdy fyzicky nevidíte. Pokud dodavatel z Číny pošle vadný výrobek, reklamaci řeší zákazník s vámi. Počítejte s tím i finančně: na vracení peněz za reklamace si držte rezervu. Kolik si jako OSVČ odkládat stranou na daně, pojistné a nečekané výdaje, spočítáte v kalkulačce finanční rezervy pro OSVČ.
Prodej přes marketplace (Amazon, Alza Marketplace, Allegro)
Marketplace je tržiště: platforma vám přivede zákazníky a za to si vezme provizi. Účetně přibývají tři vrstvy: provize, fulfillment poplatky a přeshraniční DPH.
Účtování provizí
Provize marketplace je náklad za zprostředkování prodeje (účet 518). Pozor na zahraniční platformy (Amazon, Allegro): fakturují vám z jiného členského státu EU bez DPH v režimu přenesení daňové povinnosti. Jako plátce DPH musíte daň sami přiznat a současně si nárokovat odpočet (u plného nároku je efekt nulový, ale vykázat ho musíte). Jako neplátce se přijetím takové služby stáváte identifikovanou osobou a DPH z provize odvádíte bez nároku na odpočet.
Fulfillment (FBA u Amazonu)
Pokud využíváte Amazon FBA (Fulfillment by Amazon), zboží fyzicky leží ve skladech Amazonu:
- Zboží je stále vaše, vedete ho ve vlastní skladové evidenci
- Poplatky za skladování a expedici jsou náklady (účet 518)
- Přemístění vlastního zboží do skladu v jiné zemi EU (Německo, Polsko) zpravidla znamená povinnost registrace k DPH v dané zemi; přemístění vlastního zboží OSS nepokrývá
Modelový příklad: e-shopař Petr v číslech
Petr provozuje jako OSVČ e-shop s outdoorovým vybavením na Shoptetu. Podívejme se na jeho rok 2026:
| Položka | Hodnota |
|---|---|
| Tržby ČR | 1 850 000 Kč |
| Tržby Slovensko a Rakousko (B2C) | 210 000 Kč (cca 8 400 EUR) |
| Nákup zboží | 1 150 000 Kč |
| Poplatky platební brány (1,5 %) | cca 31 000 Kč |
| Marketing (Google, Meta, ze zahraničí) | 180 000 Kč |
Co z toho pro Petra plyne:
- DPH: Obrat za kalendářní rok 2 060 000 Kč překročil 2 000 000 Kč. Petr podá přihlášku do 10 pracovních dnů a plátcem se stane od 1. 1. 2027 (druhý limit 2 536 500 Kč nepřekročil). Může se ale v přihlášce rozhodnout pro okamžité plátcovství, což se mu vyplatí, pokud chce nárokovat odpočet z nakoupených zásob.
- OSS: Prodeje do EU (8 400 EUR) jsou zatím pod limitem 10 000 EUR, Petr tedy účtuje českou DPH (jakmile bude plátce). Limit ale musí hlídat průběžně.
- Identifikovaná osoba: Reklamu nakupuje od Google Ireland a Meta Ireland. Už jako neplátce se přijetím těchto služeb stal identifikovanou osobou a musí z reklamy odvádět českou DPH 21 % (z 180 000 Kč to je 37 800 Kč) bez nároku na odpočet. To je nejčastěji opomíjená povinnost malých e-shopů.
- Daň z příjmů: Skutečné výdaje (zboží + poplatky + marketing) výrazně převyšují 60% paušál, Petr proto vede daňovou evidenci se skutečnými výdaji.
Praktické tipy pro účetnictví e-shopu
📋10 pravidel efektivního účetnictví e-shopu
Automatizace šetří čas i peníze
Moderní e-shopové platformy (Shoptet, WooCommerce, Shopify) nabízejí napojení na účetní systémy. Automatické vystavování dokladů, párování plateb a export do účetnictví ušetří desítky hodin měsíčně. S DokladBotem navíc zpracujete přijaté faktury od dodavatelů přímo ve WhatsAppu: stačí je vyfotit nebo přeposlat. Jak si DokladBot stojí proti klasickým účetním programům, najdete ve srovnání účetních nástrojů pro OSVČ, kompletní přehled funkcí pak na stránce co DokladBot umí.
Časté otázky
Musím mít pro e-shop živnostenské oprávnění?
Ano. Prodej zboží přes internet spadá pod živnost volnou, obor činnosti „Velkoobchod a maloobchod". Ohlášení živnosti stojí 1 000 Kč a vyřídíte ho na kterémkoliv živnostenském úřadě nebo online.
Kdy se e-shop musí registrovat k DPH?
Od 1. 1. 2025 platí dva limity počítané za kalendářní rok: při překročení obratu 2 000 000 Kč se stáváte plátcem od 1. ledna dalšího roku (nebo dobrovolně hned), při překročení 2 536 500 Kč okamžitě od následujícího dne. Přihlášku podáváte do 10 pracovních dnů od překročení.
Musím zákazníkovi posílat fakturu ke každé objednávce?
Spotřebiteli (B2C) ze zákona fakturu vystavovat nemusíte, stačí doklad o zakoupení podle zákona o ochraně spotřebitele; v praxi ji ale e-shopy vystavují automaticky. Podnikateli (B2B) plátce DPH vystavit daňový doklad musí, a to do 15 dnů od uskutečnění plnění (§ 28 zákona o DPH).
Platí pro e-shop EET?
Ne, elektronická evidence tržeb byla zrušena k 1. 1. 2023 (zákon č. 458/2022 Sb.). Povinnost vystavovat a archivovat doklady tím ale nezaniká.
Co když prodám za rok do EU jen za 5 000 EUR?
Jste pod limitem 10 000 EUR, takže účtujete českou DPH (pokud jste plátce) a OSS řešit nemusíte. Limit se počítá souhrnně za všechny země EU dohromady a zahrnuje i digitální služby.
Jak dlouho musím archivovat doklady?
Daňové doklady pro účely DPH 10 let od konce zdaňovacího období (§ 35 zákona o DPH). Účetní doklady 5 let, účetní závěrku 10 let (§ 31 zákona o účetnictví). Archivovat lze elektronicky, pokud zajistíte věrohodnost původu a čitelnost.
Vyplatí se e-shopu dobrovolná registrace k DPH?
Záleží na zákaznících a nákladech. Prodáváte-li hlavně firmám (plátcům) nebo máte vysoké vstupní náklady s DPH (zboží, sklad, marketing), dobrovolné plátcovství se vyplatí díky odpočtům. Prodáváte-li koncovým spotřebitelům a konkurujete cenou, neplátcovství znamená až 21% cenovou výhodu.
Závěr
Účetnictví e-shopu vyžaduje systematický přístup a znalost specifik online prodeje. Klíčové oblasti, tedy DPH s novými limity od 2025, OSS režim, reklamace, platební brány a skladová evidence, je třeba mít pod kontrolou od prvního dne. S rostoucím obratem roste i složitost, proto se vyplatí investovat do automatizace a případně do účetního se zkušenostmi z e-commerce. Kolik stojí automatické zpracování dokladů s DokladBotem, zjistíte v ceníku.
Zdroje a právní předpisy
- Finanční správa ČR: změny v plátcovství a registračním řízení DPH od 1. 1. 2025
- Finanční správa ČR: One Stop Shop (OSS)
- Finanční správa ČR: OSS, režim EU, daňové přiznání a registrace
- Zákon č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty (§ 4a obrat, § 6 plátci, § 6g identifikované osoby, § 28 daňové doklady, § 35 uchovávání dokladů, § 42 a § 45 opravné daňové doklady, § 47 sazby daně)
- Zákon č. 563/1991 Sb., o účetnictví (§ 1 odst. 2 účetní jednotky, § 29 a § 30 inventarizace, § 31 úschova záznamů)
- Zákon č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (§ 7 paušální výdaje, § 7b daňová evidence)
- Zákon č. 89/2012 Sb., občanský zákoník (§ 1829 a § 1832 odstoupení od smlouvy uzavřené distančním způsobem)
- Zákon č. 461/2024 Sb., novela zákona o DPH účinná od 1. 1. 2025
- Zákon č. 458/2022 Sb., zrušení elektronické evidence tržeb
Nechcete ztrácet čas s papírováním?
Vyzkoušejte DokladBot, účetnictví přes WhatsApp. Vyfoťte účtenku a máte zaúčtováno. Začínáte se 7 dny zdarma na všechny funkce, až 100 účtenek a faktur.
Užitečné nástroje a stránky
Vzory dokumentů ke stažení
Související články
AI OCR účtenek 2026: jak vybrat (srovnání nástrojů pro OSVČ)
AI OCR účtenek šetří 5-10 hodin měsíčně. Jak vybrat: cena za doklad, přesnost, integrace s českým účetnictvím (Pohoda, Money S3, ABRA Flexi). Srovnání hlavních nástrojů 2026.
AI účetnictví 2026: trendy, srovnání nástrojů a jak vybrat
AI v účetnictví už není sci-fi, funguje a šetří hodiny týdně. Trendy 2026 (velké jazykové modely, multimodální vidění), srovnání českých nástrojů, ROI kalkulace pro OSVČ, GDPR rizika.
Evidence dokladů pro OSVČ: jak si nastavit systém, který funguje
Krabice od bot plná účtenek není systém. Ukážeme vám, co jako OSVČ musíte evidovat, jak dlouho doklady archivovat a jak si nastavit jednoduchou správu dokladů online, která přežije i daňovou kontrolu.